Nachdem der Nintendo 64 1996 auf dem Markt erschienen war, arbeitete die Firma an der Entwicklung einer Erweiterung des Systems, dem N64DD. Es gab den Entwicklern 64 MB Speicherplatz. Das Projekt scheiterte allerdings nachdem 3 Jahre Zeit investiert wurden und verließ niemals die Grenzen Japans. URA Zelda, später benannt in Ocarina of Time Master-Quest, war fast in der Entwicklung vollendet, als das Spiel offiziell abgebrochen wurde. Es wurde aber aufgrund der Nachfrage auf einer limitierten Version von The Wind Waker veröffentlicht.

Während der Entwicklung an dem N64DD arbeitete Nintendo an 2 Zeldatiteln. Neben Ura Zelda wurde Zelda Gaiden zu einem eigenen Spiel konzeptioniert. Es ist heute bekannt als Majora's Mask. Interessant dabei ist, dass bis vor 2 Monaten zum Release dieser Arbeitstitel beibehalten wurde.

Ein Arbeitstitel für The Wind Waker, der zunächst nur in Japan etwas für Aufsehen sorgte. Später wurde das Spiel in The Wind Waker umgetauft.

Ein Name, der für viele Zeldafans meist nicht geläufig war, abgesehen paar loser Spekulationen. Nintendo bestätigte zwar, dass sie ein Zeldaspiel für den DS eingeplant hatten, allerdings blieb es lange Zeit still um dieses mysteriöse Projekt. Viele Fans waren gegenüber einer Fortsetzung des Cel-Shading Abenteuers misstrauisch, denn sie wünschten sich ein Zelda im Realistischen Aufzug. Ab der E3 2004 schien Nintendo endlich dem Wunsch der Fans nachzukommen, denn mit Twilight Princess Ende 2006 erfolgte das langersehnte Zelda im realistischen Stil. Eiji Aonuma äußerte sich, dass ein Four Swords Spiel auf dem DS erscheinen könnte, was später bestätigt wurde. Allerdings wurde dieses Projekt auch später 2005 widerrufen. Das Projekt Windwaker 2 schien durch Twilight Princess auch für Fans beendet zu sein, ehe 2006 Nintendo mit Phantom Hourglass eine Fortsetzung auf dem DS ankündigte. Phantom Hourglass erschien Ende 2007.

Nintendo plante, ein Remake der beiden NES Titel "The Legend of Zelda" als auch "Adventure of Link" herauszubringen. Hinzu sollte ein Drittes, noch nie entwickeltes Zeldaspiel hinzukommen und die NES Reihe in ihrer Rahmengeschichte ergänzen. Das Ganze Projekt wurde als die Triforce Serie getauft. Aus diesem Plan entstand später die Oracle Serie.

Nachdem die Triforce Serie verworfen wurde, arbeitete ein Entwicklerteam an einer Serie mit drei vollkommen neuen Zeldatiteln, die alle miteinander in Verbindung stehen sollten. Es bekam den Namen: Mystical Seed Series. Allerdings wurde bereits während der Entwicklung deutlich, dass das neue Passwortsystem komplex und aufwendig werden würde. Heraus kam die Orakel Serie, aus dieser der dritte Teil gestrichen wurde.

Zu Zeiten, als der Name der Wii noch nicht bekannt war, erhielt die neue Konsole den Namen Revolution. Zu dieser Zeit gehört auch dieser Zeldatitel, denn man hoffte auf einen neuen Titel auf der neuen Konsole. Später sollte dieser für den Gamecube erscheinen und bekam den Namen Twilight Princess. Jäh gegen Ende der Entwicklung entschied sich Nintendo Twilight Princess für beide Systeme zu veröffentlichen. So wurde das Spiel, welches für Gamecube geschrieben und entwickelt worden war, auch für die Wii zugänglich gemacht. Dabei mussten zwei Änderungen gemacht werden: Die Steuerung der Wii musste an das Spiel angepasst werden. Da es evt. Schwierigkeiten geben könnte, wurde Link in der Wii Version Rechtshändler. Die Welt Hyrule ist in der Wii Version gespiegelt. Zelda Revolution wird seit kurzem für ein neues Zeldaspiel gebraucht, dass Nintendo zur Zeit für die Wii entwickelt.

Der ursprüngliche Projektname für das kleine Zusatzspiel Link's Crossbow Training. Das Entwickler Team entschied sich später für eine Änderung des Namens: Einerseits sollte keine Verwirrung entstehen mit „Introduction to Wii“ dem japanischen Namen für Wii Play. Andererseits wollte das Team dem Spiel keinen Namen wie „The Legend of Zelda: Phantom Crossbow“ verleihen, denn es sollte nicht als ein nachfolgender Teil der Zelda Serie erscheinen und auch nicht als einer empfunden werden. Schließlich erhielt das Spiel seinen heutigen Namen: Link’s Crossbow Training.

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